LBBE/HCL

 

 

Créés en 1802, les  Hospices Civils de Lyon (HCL) sont le 2ème hôpital universitaire de France. Il inclu 14 établissements de la région Rhône-Alpes dont 3 généraux et proposent plusieurs services comme les urgences, la médecine, la chirurgie dans de nombreuses disciplines, 7 sont des établissements spécialisés et 4 sont des établissements gériatriques. Les HCL sont composées de 23 000 professionnels dont 5 000 professionnels de santé et 850 000 m² de patrimoine. Ils font également partie de Institut d’Hémathologie et d’Oconlogie Pédiatrique (IHPOE) qui est une institution spécialisée dans les traitements du cancer en partenariat avec le Centre Léon Bérard.

Les HCL s'appuient également sur un Centre de Ressources Biologiques (CRB) appelé NeuroBioTec  qui a été créé en 1996. Il a pour but de satisfaire les chercheurs et plus particulièrement de stocker et fournir du matériel biologique humain qualifié aux utilisateurs institutionnels ou privés, critères fondamentaux pour assurer le succès des recherches. . Elle est composée de 9 salariés, plus de 151 000 prélèvements, 22 collections et depuis 2010, NeuroBioTec est certifiée selon la norme spécifique aux Centres de Ressources Biologiques, NF S-96 900.

 

Le service de biostatistique du CHU fait également partie de l'équipe du groupe Biostatistique/Santé du Laboratoire Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE, UMR CNRS 5558), UCBL1. Travaillant en collaboration avec des praticiens, les projets conduisent à développer la recherche en modélisation pour l'épidémiologie et la recherche clinique et l'expertise en méthodes biostatistiques dédiées aux applications médicales. Les essais, y compris les essais européens, sont gérés de manière routinière/régulière pour les aspects statistiques. Le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (HCERES) a évalué le département comme excellent quant à son projet et exceptionnel quant à son programme de recherche.

Le département analyse les données des registres français du cancer FRANCIM pour la description et la prédiction de l'incidence du cancer et de la survie au cancer pour des institutions publiques telles que Institut National du Cancer (INCa). Ce département travailler sur des bases de données volumineuses, issues par exemple de registres régionaux et nationaux, ou d'études liées à des données de grande dimension (génomique, transcriptomique). Reliant biais d'optimisme, régression à la moyenne et processus de sélection, l'équipe a été impliquée dans l'estimation des performances prédictives de modèles. Depuis 10 ans, des modèles de régression pénalisés ont été étudiés et développés concernant la malédiction de la dimensionnalité.

L'un des axes de recherche du groupe Biostatistique/Santé porte sur la prédiction individuelle et la médecine personnalisée. L'unité possède par conséquent une expertise dans le domaine de l'analyse des facteurs de risque et de la construction de scores. En particulier, elle a travaillé sur des métriques pour quantifier l'adéquation du modèle proposé (R au carré pour les données de survie), et sur des méthodes pour tester et réduire l'optimisme du modèle obtenu. Le service de biostatistique travaille régulièrement sur l'analyse des facteurs pronostiques, et a développé plusieurs scores, dans des domaines variés comme en oncologie. Elle est habituée à travailler sur des projets européens (FP7, H2020 : Wake-Up, Tension), et est impliquée dans de nombreuses collaborations au niveau national avec des universitaires ou institutionnels (Agence de Biomédecine, l'Institut de Recherche pour le Développement, Fédération Francophone de Cancérologie Digestive, Santé Publique France (anciennement InVS), l'INstitut National du Cancer (INCa)).

Chaque année, les membres de l'équipe rédigent environ 80 articles dans des revues à comité de lecture (2 New England Journal of Medicine en 2018, 1 Lancet et 1 Journal of the National Cancer Institute en 2019).

 

RESPONSABLE:

Pr. Delphine Maucort-Boulch est médecin de santé publique et biostatisticienne de formation. Elle est professeur dans le groupe Biostatistique Santé de l'UMR CNRS 5558, laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE). Elle dirige l'axe de recherche « Prédiction individuelle - Identification de biomarqueurs - BioInformatique » avec le Pr P. Roy. Le groupe possède une forte expertise dans l'identification de biomarqueurs diagnostiques et pronostiques. Au total, l'équipe est impliquée dans 43 Projets de Recherche Clinique nationaux, 31 projets régionaux, 5 projets subventionnés par l'ANR, 1 par l'ANRS, et 1 essai européen en cours dans le cadre H2020. Chaque année, l'unité est auteur ou co-auteur de plus de 60 publications dans des revues internationales.

1. Obadia JF, Messika-Zeitoun D, Leurent G, Iung B, Bonnet G, Piriou N, Lefevre T, Piot C, Rouleau F, Carrie D, Nejjari M, Ohlmann P, Leclercq F, Saint Etienne C, Teiger E, Leroux L, Karam N, Michel N, Gilard M, Donal E, Trochu JN, Cormier B, Armoiry X, Boutitie F, Maucort-Boulch D, Barnel C, Samson G, Guerin P, Vahanian A, Mewton N. Percutaneous Repair or Medical Treatment for Secondary Mitral Regurgitation. N Engl J Med 2018;379(24):2297-2306.

2. Elsensohn MH, Leblay N, Dimassi S, Campan-Fournier A, Labalme A, Roucher-Boulez F, Sanlaville D, Lesca G, Bardel C, Roy P. Statistical method to compare massive parallel sequencing pipelines. BMC Bioinformatics. 2017 Mar 1;18(1):139.

3. Klich A, Mercier C, Gerfault L, Grangeat P, Beaulieu C, Degout-Charmette E, Fortin T, Mahé P, Giovannelli JF, Charrier JP, Giremus A, Maucort-Boulch D, Roy P. Variance component analysis to assess protein quantification in biomarker validation: application to selected reaction monitoring-mass spectrometry. BMC Bioinformatics. 2018 Mar 1;19(1):73

4. Rouvière O, Dagonneau T, Cros F, Bratan F, Roche L, Mège-Lechevallier F, Ruffion A, Crouzet S, Colombel M, Rabilloud M.Diagnostic value and relative weight of sequence-specific magnetic resonance features in characterizing clinically significant prostate cancers. PLoS One. 2017 Jun 9;12(6):e0178901.

5. Ozenne B, Subtil F, Maucort-Boulch D. The precision--recall curve overcame the optimism of the receiver operating characteristic curve in rare diseases. J Clin Epidemiol. 2015 Aug;68(8):855-9